El Observatorio para el Desarrollo Sostenible de la Reserva de Biosfera Seaflower tiene un Modelo de Operación incluyente y participativo:
- Administrador del Observatorio. El Administrador del Observatorio para el Desarrollo Sostenible de la Reserva de Biosfera Seaflower es CORALINA y específicamente está conformado por el equipo de trabajo vinculado a la Subdirección de Planeación y Desarrollo Institucional.
- Grupos de investigación asociados. Conformado por grupos de investigación locales, de entidades públicas, empresa privada u organizaciones sociales con domicilio principal en el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, registrados en el Observatorio de Seaflower. Los grupos de investigación asociados, deben tener relación con los objetivos o actividades de Seaflower.
- Semilleros. Conformado por grupos de jóvenes con el propósito de estimular la investigación científica, innovación y desarrollo tecnológico a problemas ambientales y de desarrollo sostenible.
- Entidades de apoyo. Hace referencia a Organizaciones que prestan servicios de asesoría, acompañamiento, asistencia técnica y/o financiación a los objetivos o actividades del Observatorio de Seaflower. Entre ellas, se destacan Universidades, Institutos de Investigación, Ministerios, Otros Observatorios, Otras Autoridades Ambientales, Otros Entes Territoriales, COLCIENCIAS, Comisión Nacional del Océano, ONGS, entre otros.
- Órganos de consulta. Hace referencia a los Comités Departamentales y Municipales Inter-institucionales e Inter-sectoriales que ya existen.
- Red de integración regional y cooperación internacional. Conformado por conjunto de Observatorios a nivel nacional e internacional que tienen objetivos o actividades similares al Observatorio de Seaflower, y deciden realizar alianzas para intercambiar experiencias, conocimientos o servicios.
Las empresas privadas, entidades públicas u organizaciones sociales interesadas en vincularse al Observatorio para el Desarrollo Sostenible de la Reserva de Biosfera Seaflower, para desarrollar actividades, proyectos, programas, planes o estrategias en conjunto, pueden realizarlo mediante la suscripción e implementación de Acuerdos de Voluntades o Convenios con CORALINA.